بسبب متطلبات الفحص المجهري، تقتصر خيارات تحضير العينات على ما يلي: التركيبات الكاملة، حيث يكون الكائن الحي أو الهيكل بأكمله صغيرًا بدرجة كافية أو رقيقًا بما يكفي لوضعه مباشرة على شريحة مجهرية (على سبيل المثال، كائن صغير أحادي الخلية أو متعدد الخلايا أو غشاء) التي يمكن تمديدها بشكل رقيق على شريحة) مستحضرات 'القرع'، حيث يتم سحق الخلايا عمدًا أو سحقها على شريحة للكشف عن محتوياتها (على سبيل المثال، العينات النباتية حيث يتم تعطيل الخلايا للكشف عن الكروموسومات) المسحات، حيث تتكون العينة من الخلايا العالقة في السائل (مثل الدم، أو السائل المنوي، أو السائل النخاعي، أو مزرعة الكائنات الحية الدقيقة)، أو حيث يتم كشط الخلايا الفردية، أو تنظيفها، أو استنشاقها (امتصاصها) من السطح أو من داخل العضو (علم الخلايا التقشري) .المسحات هي أساس 'اختبار عنق الرحم' المعروف الذي يستخدم لفحص سرطان عنق الرحم لدى أقسام النساء، حيث يتم دعم العينات بطريقة ما بحيث يمكن قطع شرائح رفيعة جدًا منها، وتثبيتها على شرائح، و ملطخة.يتم تحضير المقاطع باستخدام أداة تسمى 'الميكروتومي'. ومن بين هذه الخيارات، تحافظ التركيبات الكاملة والمقاطع فقط على العلاقات الهيكلية بين الخلايا الفردية والمكونات خارج الخلية.توفر المسحات ومستحضرات القرع تفاصيل حول الخلايا الفردية وأرقام الخلايا النسبية، ولكن يتم فقدان العلاقات الهيكلية.يعد إعداد الأقسام من أكثر هذه الطرق تعقيدًا من الناحية الفنية لأنه يتطلب معدات متخصصة وخبرة كبيرة.يشكل الفحص المجهري للأقسام من قبل أخصائي علم الأمراض حجر الزاوية في تشخيص السرطان.على الرغم من أن منهجية إعداد المقاطع من كل من المواد الحيوانية والنباتية متشابهة، فإن الوصف التالي يتعلق بالأنسجة الحيوانية (البشرية).
